Den 7 maj år 1697 på kvällen såg stockholmarna flammor bryta ut på taket över borgen Tre Kronors rikssal. Snart spred sig elden till hela slottet. Inga försök till släckning var möjliga. Länge reste sig det ståtliga tornet med de tre förgyllda kronorna över eldhavet. Men framåt natten stod också tornet i brand. Med ett fruktansvärt brak störtade tornets åtta kanoner ner genom de brinnande bjälklagen innan hela tornet störtade samman. Hela slottet var nu nedbränt.
Under branden försökte slottsmanskapet att rädda så mycket som möjligt av innehållet i framför allt riksarkivet som låg i slottet. Mycket kunde bäras ut men mängder av ovärderliga brev och handlingar från Sveriges tidiga historia försvann för alltid. Dessvärre koncentrerade sig också räddningsarbetet på vad man ansåg vara de mest aktuella och för samtiden mest relevanta handlingarna.
Ur slottskapellet, som också var nyinrett i den norra flygeln i ståtlig barockstil bar man ut Ehrenstrahls stora målning föreställande den yttersta domen. Den flyttade till Storkyrkan där den fortfarande har kvar sin provisoriska plats framför ett fönster bakom den monumentala skulpturen Sankt Göran och Draken.
Viktigast var att bära ut den nyss avlidne Karl XI:s lik och rädda änkedrottningen och den övriga kungliga familjen. Änkedrottning Hedvig Eleonora var gammal och chockad och fick också hon bäras ut under överinseende av den nyblivne 15-årige kungen, Karl XII.
Under utredningen några dagar senare och följande rättegångar kom det fram att de två brandvakterna som skulle bevakat vinden i stället satt nere hos brandknekten som ansvarade för bevakningen och mumsat och förmodligen supit när elden bröt ut. När de kände lukten av brandrök var det för sent att ingripa. Dessutom förvarades brandredskapen på vinden.
I efterhand kunde brandmanskapet också berätta att skorstenarna hade läckt ut rök som sipprade ut genom springorna i panelerna. Koppartaket hade också varit bristfälligt underhållet och så de murknande takbjälkarna tittade fram. De kunde också ha antänts av gnistor från slottets många övriga skorstenar.
De båda brandvakterna dömdes senare till döden, men fick straffet omvandlat till straffarbete på fästning.
Men märkligt nog stod det senaste tillägget till borgens byggnadshistoria kvar som en kuliss mot Norrmalm med sina nyinredda praktrum.
Än idag kan man på baksidan av en snidad och förgylld dubbeldörr i Karl XI:s galleri se spåren av branden i form av lätt förkolnat trä. Lågorna hade slickat även den nya flygeln men inte lyckats antända den. Fasaden mot Norrbro minus flyglarna är den samma idag som året före slottsbranden. Den innehåller därför i bottenvåningarna murarna från Tre Kronor. Fönsterindelningen följer fönstren i det gamla slottskapellet som i århundraden utgjort den norra flygelns bottenvåning.
Märkligt nog kunde slottsarkitekten Nicodemus Tessin d.y. lägga fram ritningarna till det som skulle bli det nya slottet bara en och en halv månad senare. I själva verket hade han velat riva den gamla då omoderna borgen och ersätta den med dagens låda. Givetvis gick ryktena då att han själv skulle anstiftat branden, men de fann aldrig egentlig tilltro.
Det nya Stockholms slott trodde man då skulle kunna uppföras på sju år. Men så kom Karl XII:s olyckliga krig emellan och Sverige hade inga pengar över till extravaganser. Det skulle dröja till 1754 innan kungafamiljen kunde flytta in i slottet sedan slottsbygget kommit igång igen först framåt 1730-talet.